Inmuno caracterización del transcriptoma del bazo de Thunnus orientalis criado por piscicultura

Abstract

El suborden de los Scombroidei suele conocerse con el nombre de “atunes y especies afines”. Este suborden está compuesto de atunes conocidos como atunes verdaderos, agujas o picudos y otras especies parecidas a los atunes. Dentro del género Thunnus podemos encontrar diferentes especies con una gran importancia económica. Como ejemplo, Thunnus orientalis genera una gran cantidad de ingresos en varias partes del mundo debido a su alto mercado y comercio en diferentes presentaciones, tales como conservas y sashimi (pescado crudo considerado como un manjar en el Japón). Existen varias granjas encargadas de cultivas a estas diferentes especies a fin de cumplir con la demanda y las exigencias del mercado. Dentro de estas granjas es necesario mantener la calidad de los peces durante el cultivo, evitando que sufran del ataque de virus y bacterias. Por ello se busca implementar estrategias viables y aceptadas para prevenir el desarrollo de alguna enfermedad, donde uno de los primeros pasos para lograrlo es el conocimiento de los genes presentes en estos organismos. La idea central de este trabajo fue la caracterización inmunológica del transcriptoma obtenido del atún Thunnus orientalis. Para la extracción del ácido ribonucleico (ARN) se utilizaron muestras del bazo, debido a que este órgano es representativo del sistema inmune. El ARN total se extrajo con un juego de reactivos comercial y su integridad fue evaluada. Posteriormente, se cuantificó y sintetizó la librería de secuencias de los transcritos, y finalmente, se generó el transcriptoma a través de diversas herramientas bioinformáticas. Los principales resultados de este trabajo fueron la obtención de ARN de buena calidad para su secuenciación, de la cual se generaron 63,260,761 secuencias inicialmente. Después de un proceso de verificación de calidad y remoción de adaptadores de secuenciación. Después de un proceso de verificación de calidad y remoción de adaptadores de secuenciación, se obtuvieron 43,530,887 secuencias. Posteriormente, se realizó una ontología genética a partir de las secuencias obtenidas por Illumina utilizando como referencia el genoma d Thunnus orientalis reportado por otros investigadores, para después realizar una anotación del mismo.